En entrant au moulin du Maître, Krabat met les pieds dans un terrible engrange.Dans la campagne de Saxe, Krabat, un orphelin de quatorze ans, mendie sur les routes avec deux compagnons de misère. Une nuit, il rêve de onze mystérieux corbeaux, et une voix lui ordonne de se rendre au moulin de Koselbruch. Curieux, il fausse compagnie à ses amis et arrive au moulin où est accueilli par le Maître. Commence alors son apprentissage de la minoterie en compagnie des onze autres garçons-meuniers, parmi lesquels Tonda, l'aîné, qui le prend sous son aile, Juro, le benêt, et le perfide Lyschko. Le travail est harassant, et Krabat se rend vite compte que le moulin est une école satanique, où l'on apprend la science des sciences : la sorcellerie. Chaque semaine, le Mâitre transforme ses apprentis en corbeaux, et leur lit des passages du livre des Ténéèbres, le Koraktor. Peu à peu, le garçon découvrer les rites qui rythmenet la dure vie au moulin : la soumission totale au Maître, et surtout la loi implacable qui veut qu'un apprenti meure tous les ans au soir du 31 décembre. Après deux années passées au moulin, Krabat, qui a perdu deux de ses plus proches amis, est gagné par la colère. Et lorsqu'il apprend que le Maître a conclu un pacte avec le mystérieux Parrain - sacrifier un élève chaque année sous peine de mourir lui-même -, il décide de lui échapper et de venger ses compagnons. Puisant des forces auprès d'une jeune fille dont il est tombé amoureux, Krabat tente l'impossible : défier ce maître malfaisant et en finir avec son pouvoir tyrannique.